दोपहर 12:30 बजे, 8 जुलाई, 1917  Tom अपने चेस्टनट डोंगी में रवाना। 

16 जुलाई टॉम's body को कैनो झील में तैरते हुए देखा गया। उनके माथे पर चोंट आई है। हो सकता है कि उसके पैर मछली पकड़ने की रेखा में फंस गए हों। शरीर कई दिनों से पानी में है और सड़ने लगा है। उस रात गाइड वैपोमो द्वीप पर कैम्प फायर द्वारा टॉम के शरीर पर नजर रखते हैं। झील को देखते हुए जल्दबाजी में दफन किया जाता है।

21 जुलाई टॉम के भाई, जॉर्ज के निर्देश पर, जो ओवेन साउंड की पारिवारिक यात्रा से आता है, एक उपक्रमकर्ता शरीर को पुनः प्राप्त करता है और इसे लीथ में पारिवारिक दफन की साजिश में भेजता है। इस बात को लेकर हमेशा अटकलें लगाई जाती रही हैं कि क्या यह वास्तव में किया गया था। टॉम के साथ जो हुआ उसके बारे में महत्वपूर्ण सबूत के रूप में कथानक मोटा हो गया था या तो गायब हो गया था या गायब होने और संभावित पुनर्निवेश के बीच उन 13 दिनों के दौरान खो गया था।

टॉम की मौत दुर्घटना थी या हत्या? जो हुआ उसके बारे में सिद्धांत लाजिमी है, जिससे यह कनाडा के महान रहस्यों में से एक बन गया। एक मृत्युशय्या स्वीकारोक्ति एक समाधान की पेशकश करने के लिए प्रतिष्ठित है। तथ्य, कल्पना और फंतासी परस्पर मिलते हैं, लेकिन खुदाई करने वालों के लिए एक उत्तर है। 

1920 टॉम थॉमसन की प्रेरणा से, सात परिदृश्य चित्रकारों का समूह बनाया गया है।